発症年齡、眼筋型、全身型、重症度、自己抗体検査結果、胸腺画像異常の有無などにより治療法が選択されます。内服薬による対症薬物治療や長期的病態改善治療、あるいは免疫グロブリン療法や血液浄化療法による即効性の短期的病態改善治療などがあります。多くの場合これらを組み合わせた治療 が行われます。
発症年齡、眼筋型、全身型、重症度、自己抗体検査結果、胸腺画像異常の有無などにより治療法が選択されます。内服薬による対症薬物治療や長期的病態改善治療、あるいは免疫グロブリン療法や血液浄化療法による即効性の短期的病態改善治療などがあります。

眼や全身の症状(脱力や疲れやすさ)の改善を目的とする治療法です。

神経の末端から放出されるアセチルコリンを分解するコリンエステラーゼ（酵素）の働きを抑えることで、神経筋接合部のアセチルコリンが増加します。アセチルコリンが増えれば神経から筋肉への刺激の伝達が改善され、眼や全身の症状が良くなる治療薬です。経口薬で効果が早くみられますが、その作用は一時的です。

長期的に重症筋無力症の免疫異常を改善して、筋無力症状を良くする治療です。抗アセチルコリン受容体抗体や抗マスク抗体が陽性の場合は、抗体価の変動を治療効果の参考にすることがあります。

画像診断検査で、胸腺腫があれば胸腺摘除術を施行します。胸腺腫がない全身型の場合、年齢や症状、自己抗体の種類などを考慮して胸腺摘除術を行います。

ステロイドは、副腎から分泌されている副腎皮質ホルモンを人工的に合成した薬です。自己抗体の産生を抑えることで、神経から筋肉への指令伝達が改善され、筋力が回復します。ただし、長期間の服薬が一般的です。ステロイド薬の早すぎる減量で、症状が悪化することがあります。

ステロイド薬は、十分な治療効果があり、副作用が最少になるように服用量を設定します。

ステロイド薬と同様に、免疫異常を改善することにより筋無力症状を回復することができます。この薬はステロイド薬と一緒に、あるいはステロイド薬が使えない場合、また胸腺摘除術の効果が不十分な場合に使用します。主治医から薬の効果と副作用などをよく聞き、十分に理解して治療しましょう。

全身の症状が重い場合（重症）、症状が急激に悪化した場合（急性増悪）、他の治療で効果が不十分な場合などで実施します。

献血ヴェノグロブリン®IHを1日あたり400mg/kg体重を5日間連日点滴静注します。本治療は、臨床試験において血液浄化療法と同程度の効果が確かめられています。また、血液浄化療法のような特別な装置は必要なく、通常の点滴で簡便に行うことができます。血液浄化療法で特に注意が必要な、血圧低下や細菌感染などの問題が少なく、高齢者や体格の小さな患者、全身状態が不良な場合でも実施しやすいという利点があります。

人工透析のような特殊な装置を用いて、抗アセチルコリン受容体抗体などの自己抗体を血液中から取り除く治療法です。通常は2週間に5回程度行います。効果は即効性で、一時的に症状の改善を期待する場合に用いられます。血液浄化療法には、免疫吸着法、二重膜ろ過法、単純血漿交換法があります。